Dans une étude publiée dans Cell Reports, des scientifiques d'un consortium de recherche associant l'INRAE (institut MICALIS et MetaGenoPolis, INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas), l'Institut Pasteur et l'Inserm ont investigué la dynamique des phages intestinaux en réponse à un traitement antibiotique.   L'utilisation d'antibiotiques est connue pour perturber le microbiote intestinal, ce qui pose des risques pour la santé à long terme et favorise l'émergence de la résistance aux antimicrobiens. Pour cela, ils ont suivi 22 individus sains deux semaines avant et jusqu'à six mois après un traitement de trois jours aux céphalosporines de 3e génération.   Les résultats montrent que les phages intestinaux codent rarement pour des gènes de résistance aux antibiotiques et sont majoritairement tempérés, incluant de nombreux ‘phage-plasmids’. Les populations de phages restent spécifiques à chaque individu, même après une perturbation du microbiome. L'étude rapporte une diminution de 20% de la diversité des phages au lendemain du traitement, accompagnée d'une multiplication rapide de quelques phages, majoritairement virulents.   Il est proposé que certains de ces phages contribuent au rétablissement de la diversité bactérienne via une dynamique de type ‘kill-the-winner’. Ceci est étayé par l'observation que les phages temporairement dominants ciblaient Parabacteroides distasonis, une bactérie qui se développait après le traitement uniquement en l'absence de ces phages.   Ces découvertes suggèrent que les phages intestinaux jouent un rôle crucial dans la réponse du microbiome aux antibiotiques, jouant un rôle clé dans la restauration de l'équilibre et de la diversité de la communauté microbienne.   -> Contact : eugen.pfeifer@inrae.fr

CroCoDeEL is a tool that detects cross-sample contamination in shotgun metagenomic data - metagenopolis/CroCoDeEL

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