Happy to share our recent work bridging #highpressureNMR and #MDsimulation to highlight an allosteric pathway between lipid bulk properties and conformational changes at the core of a membrane protein. doi.org/10.1016/j.bp... @icsnlab.bsky.social @cpcv.bsky.social @cnrs.fr #UnderPressure
doi.org
July 16, 2025 at 8:00 AM
Happy to share our recent work bridging #highpressureNMR and #MDsimulation to highlight an allosteric pathway between lipid bulk properties and conformational changes at the core of a membrane protein. doi.org/10.1016/j.bp... @icsnlab.bsky.social @cpcv.bsky.social @cnrs.fr #UnderPressure
#lysozyme (cyan) shown here is from the Hen Egg-White and interacting with water molecules (Red & White). Molecular dynamics simulation done by #GROMACS and animation rendered by #ucsfchimerax using pdb entry 1AKI.
#mdsimulation #moleculardynamicsimulation
#mdsimulation #moleculardynamicsimulation
October 25, 2025 at 3:29 AM
#lysozyme (cyan) shown here is from the Hen Egg-White and interacting with water molecules (Red & White). Molecular dynamics simulation done by #GROMACS and animation rendered by #ucsfchimerax using pdb entry 1AKI.
#mdsimulation #moleculardynamicsimulation
#mdsimulation #moleculardynamicsimulation
🧬 Excited to share our latest review published in Biophysical Reviews!
"The interaction of small molecules with phospholipid membranes studied by solid-state NMR and molecular dynamics simulation"
📖 doi.org/10.1007/s125...
#biophysics #NMR #membranes #MDsimulation #pharmacology
"The interaction of small molecules with phospholipid membranes studied by solid-state NMR and molecular dynamics simulation"
📖 doi.org/10.1007/s125...
#biophysics #NMR #membranes #MDsimulation #pharmacology
July 31, 2025 at 7:39 AM
🧬 Excited to share our latest review published in Biophysical Reviews!
"The interaction of small molecules with phospholipid membranes studied by solid-state NMR and molecular dynamics simulation"
📖 doi.org/10.1007/s125...
#biophysics #NMR #membranes #MDsimulation #pharmacology
"The interaction of small molecules with phospholipid membranes studied by solid-state NMR and molecular dynamics simulation"
📖 doi.org/10.1007/s125...
#biophysics #NMR #membranes #MDsimulation #pharmacology
Many congrats to SNP2Prot colleagues C. Tüting, G. Künze & P. Kastritis on their latest publication!
Read on to find the authors providing resolution to a 50y-old hypothesis, by demonstrating acid-driven protein desolvation.
doi.org/10.1073/pnas...
#CryoEM #MDsimulation #PNAS #ProteinScience
Read on to find the authors providing resolution to a 50y-old hypothesis, by demonstrating acid-driven protein desolvation.
doi.org/10.1073/pnas...
#CryoEM #MDsimulation #PNAS #ProteinScience
PNAS
Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), a peer reviewed journal of the National Academy of Sciences (NAS) - an authoritative source of high-impact, original research that broadly spans...
doi.org
March 28, 2026 at 11:28 AM
Many congrats to SNP2Prot colleagues C. Tüting, G. Künze & P. Kastritis on their latest publication!
Read on to find the authors providing resolution to a 50y-old hypothesis, by demonstrating acid-driven protein desolvation.
doi.org/10.1073/pnas...
#CryoEM #MDsimulation #PNAS #ProteinScience
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doi.org/10.1073/pnas...
#CryoEM #MDsimulation #PNAS #ProteinScience
Excited to announce my new Udemy course!
"Structural Bioinformatics; Molecular Docking Masterclass"
Perfect for students, researchers & professionals in Bioinformatics.
📘 Enroll here: www.udemy.com/course/ultim...
#MolecularDocking #Bioinformatics #MDSimulation #UdemyCourse #Research
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Online Courses - Learn Anything, On Your Schedule | Udemy
Udemy is an online learning and teaching marketplace with over 250,000 courses and 80 million students. Learn programming, marketing, data science and more.
www.udemy.com
December 8, 2025 at 4:38 PM
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Perfect for students, researchers & professionals in Bioinformatics.
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#Google just announced the Willow their new #quantumchips
Can we expect a future where we will be doing seconds (yes, seconds) of MD Simulations using such quantum chips. .
blog.google/technology/r...
#drugdiscovery #mdsimulation #willow #quantumchip
Can we expect a future where we will be doing seconds (yes, seconds) of MD Simulations using such quantum chips. .
blog.google/technology/r...
#drugdiscovery #mdsimulation #willow #quantumchip
Meet Willow, our state-of-the-art quantum chip
Our new quantum chip demonstrates error correction and performance that paves the way to a useful, large-scale quantum computer.
blog.google
December 10, 2024 at 6:40 AM
#Google just announced the Willow their new #quantumchips
Can we expect a future where we will be doing seconds (yes, seconds) of MD Simulations using such quantum chips. .
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Our institute’s April newsletter is out. Read about #MDsimulation of the #ribosome, our #proteomics facility, fair cups in our espresso bar, and more! http://www.mpibpc.mpg.de/16003994/04_MPIbpcNews_April_2018.pdf
November 25, 2024 at 7:05 AM
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November 25, 2024 at 7:00 AM
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November 25, 2024 at 6:42 AM
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November 22, 2024 at 10:57 AM
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November 22, 2024 at 10:36 AM
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November 22, 2024 at 10:17 AM
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November 22, 2024 at 9:59 AM
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November 22, 2024 at 9:35 AM
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Just published | Nanoscale Horizons
北里大学 渡辺豪先生らによる、トリプチセン有機分子の自己組織化メカニズム⚛️ #分子動力学 #MDsimulation
Molecular dynamics insights into orientation and hexagonal ordering of tripodal triptycenes on solid surfaces
pubs.rsc.org/en/content/a...
北里大学 渡辺豪先生らによる、トリプチセン有機分子の自己組織化メカニズム⚛️ #分子動力学 #MDsimulation
Molecular dynamics insights into orientation and hexagonal ordering of tripodal triptycenes on solid surfaces
pubs.rsc.org/en/content/a...
April 2, 2026 at 7:14 AM
Just published | Nanoscale Horizons
北里大学 渡辺豪先生らによる、トリプチセン有機分子の自己組織化メカニズム⚛️ #分子動力学 #MDsimulation
Molecular dynamics insights into orientation and hexagonal ordering of tripodal triptycenes on solid surfaces
pubs.rsc.org/en/content/a...
北里大学 渡辺豪先生らによる、トリプチセン有機分子の自己組織化メカニズム⚛️ #分子動力学 #MDsimulation
Molecular dynamics insights into orientation and hexagonal ordering of tripodal triptycenes on solid surfaces
pubs.rsc.org/en/content/a...
今日のZennトレンド
分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事は、論文に掲載されたリガンド-タンパク質分子動力学シミュレーション解析をGROMACSを用いて再現し、MM-GBSA/PBSA、分解、アラニンスキャン解析を行った過程を解説している。
Windows環境での実行手順や、gmx_MMPBSAツールを用いた解析方法、各種解析結果の解釈について具体的に説明されている。
in silico創薬の手法を学ぶための実践的なチュートリアルとして役立つ内容となっている。
分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事は、論文に掲載されたリガンド-タンパク質分子動力学シミュレーション解析をGROMACSを用いて再現し、MM-GBSA/PBSA、分解、アラニンスキャン解析を行った過程を解説している。
Windows環境での実行手順や、gmx_MMPBSAツールを用いた解析方法、各種解析結果の解釈について具体的に説明されている。
in silico創薬の手法を学ぶための実践的なチュートリアルとして役立つ内容となっている。
分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事はリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿って行なった結果に対し、論文で使われている解析方法であるMM-GBSA解析とMM-PBSA解析、decomposition解析、アラニンスキャン解析を行なっています。動作検証済み環境Windows 11 Home, 13th Gen Intel(R) Core(TM) i7-13700, 64 ビット オ
zenn.dev
December 10, 2024 at 9:19 PM
今日のZennトレンド
分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事は、論文に掲載されたリガンド-タンパク質分子動力学シミュレーション解析をGROMACSを用いて再現し、MM-GBSA/PBSA、分解、アラニンスキャン解析を行った過程を解説している。
Windows環境での実行手順や、gmx_MMPBSAツールを用いた解析方法、各種解析結果の解釈について具体的に説明されている。
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分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
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今日のZennトレンド
分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事は、論文を参考にGROMACSを用いたリガンド-タンパク質分子動力学シミュレーションを行い、MM-GBSA/PBSA、分解、アラニンスキャン解析を実施した結果を報告している。
Windows環境での実行手順や必要なツール、解析手法の詳細を解説し、in silico創薬の手法を具体的に示している。
さらに、著者によるin silico創薬に関する書籍へのリンクも掲載されている。
分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事は、論文を参考にGROMACSを用いたリガンド-タンパク質分子動力学シミュレーションを行い、MM-GBSA/PBSA、分解、アラニンスキャン解析を実施した結果を報告している。
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分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事はリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿って行なった結果に対し、論文で使われている解析方法であるMM-GBSA解析とMM-PBSA解析、decomposition解析、アラニンスキャン解析を行なっています。動作検証済み環境Windows 11 Home, 13th Gen Intel(R) Core(TM) i7-13700, 64 ビット オ
zenn.dev
December 10, 2024 at 9:13 AM
今日のZennトレンド
分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事は、論文を参考にGROMACSを用いたリガンド-タンパク質分子動力学シミュレーションを行い、MM-GBSA/PBSA、分解、アラニンスキャン解析を実施した結果を報告している。
Windows環境での実行手順や必要なツール、解析手法の詳細を解説し、in silico創薬の手法を具体的に示している。
さらに、著者によるin silico創薬に関する書籍へのリンクも掲載されている。
分子動力学シミュレーション解析であるMM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析を論文に沿ってやってみた。
本記事は、論文を参考にGROMACSを用いたリガンド-タンパク質分子動力学シミュレーションを行い、MM-GBSA/PBSA、分解、アラニンスキャン解析を実施した結果を報告している。
Windows環境での実行手順や必要なツール、解析手法の詳細を解説し、in silico創薬の手法を具体的に示している。
さらに、著者によるin silico創薬に関する書籍へのリンクも掲載されている。
今日のZennトレンド
GROMACSでリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿ってやってみた
この論文は、in silico創薬の手法を用いて、薬物候補化合物を特定する過程を解説している。
特に、GROMACSを用いた分子動力学シミュレーション（MDシミュレーション）に焦点を当て、論文の手順を再現しつつ、エラー回避策なども詳細に説明している。
Windows環境での具体的な手順や使用するツールなども紹介されている。
GROMACSでリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿ってやってみた
この論文は、in silico創薬の手法を用いて、薬物候補化合物を特定する過程を解説している。
特に、GROMACSを用いた分子動力学シミュレーション（MDシミュレーション）に焦点を当て、論文の手順を再現しつつ、エラー回避策なども詳細に説明している。
Windows環境での具体的な手順や使用するツールなども紹介されている。
GROMACSでリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿ってやってみた
本記事はリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿って、行っています。分子のエネルギーや運動を計算するための相互作用モデルであるフォースフィールドはFf14SBで行なっており、GROMACSのチュートリアルとは異なる方法で行なっています。エラーの回避方法も含め、詳し目に書いているので、ぜひご覧ください！動作検証済み環境Windows 11 Home, 1
zenn.dev
November 26, 2024 at 9:18 PM
今日のZennトレンド
GROMACSでリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿ってやってみた
この論文は、in silico創薬の手法を用いて、薬物候補化合物を特定する過程を解説している。
特に、GROMACSを用いた分子動力学シミュレーション（MDシミュレーション）に焦点を当て、論文の手順を再現しつつ、エラー回避策なども詳細に説明している。
Windows環境での具体的な手順や使用するツールなども紹介されている。
GROMACSでリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿ってやってみた
この論文は、in silico創薬の手法を用いて、薬物候補化合物を特定する過程を解説している。
特に、GROMACSを用いた分子動力学シミュレーション（MDシミュレーション）に焦点を当て、論文の手順を再現しつつ、エラー回避策なども詳細に説明している。
Windows環境での具体的な手順や使用するツールなども紹介されている。
GROMACSでリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿ってやってみた
https://zenn.dev/labcode/articles/5773fe87a13e61
https://zenn.dev/labcode/articles/5773fe87a13e61
GROMACSでリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿ってやってみた
zenn.dev
November 26, 2024 at 10:36 AM
GROMACSでリガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）を論文に沿ってやってみた
https://zenn.dev/labcode/articles/5773fe87a13e61
https://zenn.dev/labcode/articles/5773fe87a13e61