#virusevolution
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denard.bsky.social
Check the latest preprint from the lab, #Virus, #evolution, #VirusEvolution, armchair #virology
denard.bsky.social David Enard @denard.bsky.social · Dec 15
1/3) PhD student Mary Reed Weston analyzed virus-driven human adaptation across the viral replication cycle based on ~8,000 annotated proviral and antiviral effects manually curated from the virology literature. The steps of entry and release clearly stand out:
www.biorxiv.org/content/10.6...
December 19, 2025 at 4:40 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
P.P.S. Die Vielfalt der KP.3-Linien im Überblick.

H/T @rajlabn.bsky.social

#VirusEvolution #CovidIsNotOver #SARSCoV2 #COVID19 #Corona
KP.3 lineages
July 21, 2024 at 9:54 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
In USA macht KP.2 mittlerweile etwa 25 % der Fälle aus.

covid.cdc.gov/covid-data-t...

#KP2 #FLiRT #COVID19 #SARSCoV2 #CovidIsNotOver
#VirusEvolution #Coronavirus
#KP3 #JN1 #ImpfenSchuetzt
#VaccinesSaveLives #LongCovid
Weighted and Nowcast Estimates in United States
April 28, 2024 at 3:15 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
Schottland: Höchste Zahl von akuten Covid-19-Krankenhauseinweisungen seit April 2023

scotland.shinyapps.io/phs-respirat...

#COVID19 #SARSCoV2 #Corona #LongCovid #MECFS #Pandemie #CovidIsNotOver #CovidIsAirborne #CleanAir #ImpfenSchuetzt #MaskUp #OrganDamage #VirusEvolution
Grafik Number of acute hospital admissions due to COVID-19, influenza and RSV
July 9, 2024 at 8:45 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
Die COVID-19-Sommerwelle in Deutschland. Aktuelle Daten und Einschätzungen zur weiteren Entwicklung.

#Sommerwelle #COVID19 #CovidIsNotOver #Corona #LongCovid #MECFS #SARSCoV2 #Pandemie #CleanAir #ImpfenSchuetzt #MaskUp #KP311 #S31del #FLuQE #VirusEvolution #COVIDIsAirborne
Zwei Szenarien für die Sommerwelle 2024, verglichen mit 2023
July 21, 2024 at 9:56 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
New Kid in Town: LB.1

#SARSCoV2 mutiert weiter, diesmal zeigt eine neue Linie mit einer Deletion einen Wachtumsvorteil: LB.1
Bei einer Deletion wird ein Nukleotid entfernt bzw. geht verloren. Dadurch erlangt das S-Glykoprotein von SARS-CoV-2 eine genetische …

#COVID19 #Coronavirus #VirusEvolution
SARS-CoV-2 Genomic Mutation Matching - Countries. Data from gisaid.org, with nextclade lineages.
May 21, 2024 at 9:41 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
Wie erwartet steigt der Anteil der JN.1 + FLiRT-Varianten, geführt von KP.2, auch in Europa und Deutschland weiter an.

H/T @mikehoney.bsky.social

#JN1 #FLiRT #KP2 #SARSCoV2 #COVID19 #Coronavirus #ImpfenSchuetzt #CleanAir #MaskUp #VirusEvolution #CovidIsAirborne #CovidIsNotOver
SARS-CoV-2 Genomic Mutation Matching - Countries. Data from gisaid.org, with nextclade lineages.
May 5, 2024 at 4:52 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
Die Emergency Task Force (ETF) der EMA empfiehlt JN.1-Aktualisierung der #COVID19-Impfstoffe

www.ema.europa.eu/en/news/etf-...

#SARSCoV2 #VirusEvolution #JN1 #VaccinesSaveLives #ImpfenSchuetzt #CovidIsNotOver #FLiRT #KP2 #KP3 #Corona #CovidIsAirborne #LongCovid
„ETF recommends updating COVID-19 vaccines to target new JN.1 variant“ 30 April 2024
April 30, 2024 at 12:33 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
P.S. Hier noch die Details zu den Daten aus Deutschland.

#VirusEvolution #CovidIsNotOver #SARSCoV2 #COVID19 #Corona
Tracking Circulating SARSCoV2 Lineages (by Division, by Country, by Variant) Germany
July 21, 2024 at 9:53 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
„Es gibt keine Garantie dafür, dass SARS-CoV-2 nur ein wenig mehr Zeit braucht, um saisonal oder harmlos zu werden. So funktioniert die Evolution nicht.“

H/T T. Ryan Gregory

#SARSCoV2 #VirusEvolution #Corona #COVID19 #CovidIsNotOver #CleanAir #Pandemie #ImpfenSchuetzt #MaskUp
There is no guarantee that SARS-CoV-2 just needs a little more time to become seasonal or benign. That's not how evolution works. - T. Ryan Gregory Quelle: Post auf X, 07.07.2024, 14:47 Uhr
July 7, 2024 at 3:25 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
WHO - Variants of Interest:
BA.2.86
JN.1

WHO - Variants under Monitoring:
JN.1.7
KP.1
KP.3
KP.3.1.1
JN.1.18
LB.1

www.who.int/activities/t...

#CovidIsNotOver #VirusEvolution #COVID19 #SARSCoV2 #Corona #WHO #LongCovid #MECFS #CleanAir #MaskUp #Pandemie #ImpfenSchuetzt
Currently circulating variants under monitoring (VUMs) (as of 19 July 2024)
July 26, 2024 at 7:17 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
LP.8.1 zeigt nach der neuen Analyse der Murrell Group den größten Wachstumsvorteil vs. KP.3.1.1.

LP.8.1 stammt von FLiRT-Variante KP.1.1.3 ab. LP.8 fügt die Spike-Mutation Q493E (in FLuQE enthalten) sowie H445R und F186L hinzu – ein starkes Beispiel …

#COVID #Coronavirus #SARSVoV2 #VirusEvolution
Growth Advantage (relative to KP.3.1.1)
December 14, 2024 at 4:03 PM
kosuke-takada.bsky.social
Our discovery of novel viruses in invasive camelids in Australia leads us to propose a simple idea: RNA viruses may repeatedly evolve functional modules at the 5′ end of their genomes.

#Virology #RNAvirus #VirusEvolution
#Picornavirus #VirusDiscovery

doi.org/10.64898/202...
doi.org
February 22, 2026 at 3:02 AM
ralfwittenbrink.bsky.social
Die Entwicklung des Anteils der JN.1 + FLiRT-Varianten in ausgewählten europäischen Ländern.

github.com/Mike-Honey/s...

#JN1 #FLiRT #KP2 #SARSCoV2 #COVID19 #Coronavirus #ImpfenSchuetzt #CleanAir #MaskUp #VirusEvolution #CovidIsAirborne #CovidIsNotOver
SARS-CoV-2 Genomic Mutation Matching - Countries. Data from gisaid.org, with nextclade lineages.
May 5, 2024 at 4:55 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
„Durch Ignorieren wird es nicht verschwinden“

„Zu Beginn des fünften Pandemiejahres brauchen wir ein Umdenken in Bezug auf COVID-19.“

#Pandemie #CovidIsNotOver #COVID19 #SARSCoV2 #VirusEvolution #Coronavirus
Ignoring it won't make it go away As we enter the fifth pandemic year, we need a change in thinking about COVID-19. This infection has pathological features in common with the other severe coronaviruses (SARS and MERS).
February 27, 2024 at 11:34 PM
kosuke-takada.bsky.social
We’ve identified a highly divergent betacoronavirus from South American bat that encodes a functional furin cleavage site.
Another fascinating reminder of how diverse coronavirus evolution is in wildlife reservoirs.
#Virology #VirusEvolution #Bats #Coronavirus

www.biorxiv.org/content/10.1...
A divergent betacoronavirus with a functional furin cleavage site in South American bats
Bats are natural reservoirs for a wide range of RNA viruses. Members of the genus Betacoronavirus, including Severe Acute Respiratory Syndrome virus 2 (SARS-CoV-2) and Middle East Respiratory Syndrome...
www.biorxiv.org
October 27, 2025 at 9:32 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
eine erhöhte Infektiosität und Immunevasion ist und daher möglicherweise zu einer erhöhten relativen effektiven Reproduktionszahl (Re) beiträgt.“

www.biorxiv.org/content/10.1...

#COVID19 #Corona #MaskUp #KP3 #VirusEvolution #CleanAir #ImpfenSchuetzt #CovidIsNotOver
Figure 1. Virological features of KP.3, LB.1 and KP.2.3
June 10, 2024 at 12:27 PM
evbc.bsky.social
🌟 Day 1 of #ViBioM2026 at Vilnius University 🏛️ with a warm welcome by Manja, Gytis, and Ingrida – we already feel at home! Excited to start a full programme of talks, posters, and discussions on computational approaches in #virology. #viralgenomics #datascience #virusevolution
May 18, 2026 at 7:49 AM
ralfwittenbrink.bsky.social
Gemäß der aktuellen Analyse der MurrellGroup ist XEC in Dänemark mittlerweile die dominierende Variante.

#XEC #SARSCoV2 #Coronavirus #COVID19 #LongCovid #MECFS #VirusEvolution #CovidIsNotOver
Variantenanteile in Dänemark.
September 19, 2024 at 10:42 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
In dieser Woche infizieren sich nach den Berechnungen von @rv-enigma.bsky.social etwa eine Million Menschen in Deutschland mit #SARSCoV2.

#CovidIsNotOver #CovidIsAirborne #LongCovid #MECFS #Corona #CleanAir #ImpfenSchuetzt #MaskUp #VirusEvolution #OrganDamage #BrainDamage
Die Grafik zeigt oben (linke Skala, durchgezogen/gepunktet) die Fälle nach Berichts- und Meldedatum, unten (rechte Skala, gestrichelt) die R-Werte der Fälle, der ITS-Belegung und der Viruslast im Abwasser. Leider hat sich der der Peak als Fata Morgana entpuppt: Der Anstieg geht nach kurzem Innehalten weiter. Ich bin gespannt, ob die heutigen Abwasserdaten die (vorübergehende) Stagnation bestätigen. Daten, in Klammern: (vs. Vortag/Vorwoche) bzw. (vs. Vorwoche): Fälle nach Berichtsdatum: 888 (761) - 7T-Mittel: 552 (+3%/+10%) nach Meldedatum: 437 (303) - 7T-M fix: 497 (+9%/+14%) - korr: 577 (+6%/+16%) Inzidenz (DZF 250): 1202 (1030) - AMELAG [26.6.]: 912 (906) - LOESS [26.6.]: 997 (704) Tote: 10 7T-M: 5,6 (-21%) R-Werte: - nach Berichtsdatum: 1,05 (+0,01/-0,05) - nach Meldedatum fix: 1,08 (+0,05/+0,03) - korr: 1,09 (+0,05/+0,03) - Abwasser (LOESS) [26.6.]: 1,19 (+0,03) - ITS-Belegung: 1,19 (±0/+0,12) - ITS-Aufnahmen (14TQ): 1,14 (+0,04/+0,04) - Tote (14TQ): 1,09 (-0,15/-0,27)
July 10, 2024 at 12:18 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
Eine aktuelle #SARSCoV2 Sequenzdatenanalyse für Deutschland:

➡️ Der Anteil von KP.3.1.1 sinkt auf ~ 55 %.
➡️ Der Anteil von XEC wächst weiter und liegt nun > 20 %.

H/T @icestormfr.bsky.social

#VirusEvolution #COVID19 #Corona #CovidIsNotOver #ImpfenSchuetzt #CleanAir #MaskUp #LongCovid
COVID-19 - Germany - Clustered Lineages - 2024-09-19
September 19, 2024 at 8:52 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
entdeckt. Seitdem hat sie sich ziemlich weit verbreitet – erfolgreicher in Amerika und im asiatisch-pazifischen Raum als in Europa.

🙏🏼@BenjMurrell

Die vollständige Analyse:

github.com/MurrellGroup...

#COVID19 #Coronavirus #SARSCoV2 #VirusEvolution #CovidIsNotOver #ImpfenSchuetzt
Inferred growth advantage mapped upon the Nextclade-curated phylogeny (pruned to keep only relatively competative variants).
December 14, 2024 at 4:09 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
„In ganz Europa verzeichnen die Linien #JN1 + „#FLiRT“ in mehreren Ländern ein starkes Wachstum, angeführt von Großbritannien (35 %) und den Niederlanden (mit 31 %). Aktuelle Stichprobengrößen sind häufig dünn und lückenhaft.“

H/T @mikehoney.bsky.social

#COVID19 #JN1 #Coronavirus #VirusEvolution
SARS-CoV-2 Genomic Mutation Matching - Countries.
April 15, 2024 at 10:39 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
nur noch infektionsbasierte Immunität sein.
* Reinigt die Luft verdammt noch mal.

- T. Ryan Gregory

#LongCovid #MECFS #COVID19 #OrganDamage #BrainDamage #Corona #VirusEvolution #SARSCoV2 #CleanAir #MaskUp #ImpfenSchuetzt #CovidIsAirborne #VaccinesSaveLives #CovidIsntOver
Screenshot Post auf X vom 09.07.2024, 15:09 Uhr: Hot takes: * COVID isn't seasonal. * Long COVID rates aren't decreasing. * SARS-CoV-2 evolution is not slowing down. * Acute severity is only low because of temporary, partial immunity. * "Hybrid immunity" will soon basically just be infection-based immunity. * Clean the air FFS Von T. Ryan Gregory
July 9, 2024 at 3:57 PM
ralfwittenbrink.bsky.social
Auftreten der #Omicron-Variante Ende 2021 beschrieben wurde.

www.medrxiv.org/content/10.1...

#COVID19 #Coronavirus #JN1 #ImpfenSchuetzt #SARSCoV2 #CleanAir #MaskUp #XBB #VirusEvolution #ImmuneEvasion
#LongCovid #MECFS #CovidIsntOver #CovidIsAirborne
Protection of natural infection against reinfection with SARS-CoV-2 JN.1 variant
medRxiv - The Preprint Server for Health Sciences
www.medrxiv.org
February 24, 2024 at 10:04 PM