Selection gene drives re-engineer tumors to suppress drug resistance.

YouTube video by KeystoneSymposia

Cell plasticity refers to a dynamic program through which cells reprogram their phenotype, acquiring new histologic and molecular characteristics. Recognized as a hallmark of cancer, cellular plastic...

Forskargruppen driven av Antonio Lentini söker en doktorand i medicinsk vetenskap med fokus på att utveckla verktyg för att förstå tumörevolution. ## **Dina arbetsuppgifter ** Cancer förändras konstant där subkloner ofta förvärvar nya mutationer som driver tumörtillväxt och resistens mot behandling. I det här projektet kommer du att använda storskaliga single-cell tekniker för att identifiera klonala och mutationala mönster som kan förklara tumörevolutionen. Genom att integrera data från primära patientprover och experimentella modeller kommer du att arbeta för att förutsäga evolutionära banor och identifiera nya behandlingsmöjligheter. Detta för att förbättra behandlingssvar och långsiktiga patientresultat i cancer. Du kommer att ha möjlighet att lära och utveckla nya arbetsflöden inom beräkningsbiologi och avancerad single-cell genomik och bidra till framsteg inom precisionsmedicin inom onkologi. Vi söker en mycket motiverad person med passion för att driva forskningsutvecklingen framåt. Den ideala kandidaten har en gedigen bakgrund inom dataanalys, utmärkt problemlösningsförmåga och trivs i en kollaborativ och tvärvetenskaplig miljö. Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. En vanlig arbetsdag kan innebära att skriva och köra kod för att behandla sekvenseringsdata på en datorserver, tillämpa statistiska modeller och algoritmer för att konstruera evolutionära träd och utföra nedströms dataanalys, inklusive statistik och visualisering, samt att skriva vetenskapliga texter som summerar resultaten. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20% av heltid. ## **Dina kvalifikationer ** Du har avlagt examen på masternivå i bioinformatik, beräkningsbiologi, biostatistik, tillämpad matematik/fysik eller slutfört kurser med minst 240 hp, varav minst 60 måste vara på avancerad nivå inom naturvetenskap, life science eller ingenjörsteknik. Alternativt har du motsvarande kunskaper. Du ska vara skicklig på både muntlig och skriftlig kommunikation på engelska och ha god samarbetsförmåga. Dokumenterad erfarenhet av Unix command-line interface (CLI) och Bash kodning samt färdigheter i ett annat programmeringsspråk som Python eller R för analys och visualisering av single-cell RNA-sekvensering och single-cell DNA-sekvensering är ett krav. Kunskaper inom statistik, AI/ML, matematisk modellering och/eller fylogenetik är mycket meriterande. Personliga egenskaper, såsom kreativitet, nyfikenhet, noggrannhet och ett strukturerat tillvägagångssätt för problemlösning är väsentliga. ## **Din arbetsplats** Du kommer att arbeta på avdelningen för cell- och neurobiologi (CNB) vid Institutionen för biomedicinska och kliniska vetenskaper (BKV). Institutionen bedriver forskning samt grundutbildning och forskarutbildning inom medicinsk vetenskap. Du kommer också vara del av SciLifeLab & Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS), ett 12-års initiativ riktat för att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna life scientists och skapa globalt ledande förmågor i beräknings- och datavetenskap inom life science i Sverige. Genom detta program kommer du att delta i den nationella DDLS-forskarskolan och gå med i en dynamisk gemenskap av doktorander och postdocs från både akademi och industri. Du kommer också att ha tillgång till omfattande utbildning och resurser inom beräkningsvetenskap, inklusive high-performance computing (HPC) clusters. ## **Om anställningen** I samband med att du antas till forskarutbildningen handläggs din anställning som doktorand. Läs mer om respektive fakultets forskarutbildning här. Anställningen är tidsbegränsad till fyra år heltid. Du anställs till en början på ett år, och därefter förnyas anställningen med högst två år i taget, utifrån uppnådd studieplan. Förlängning av anställning upp till fem år sker utifrån grad av undervisnings- och institutionsuppdrag. Vid särskilda skäl kan ytterligare förlängning ske. Tillträde enligt överenskommelse. ## **Lön och förmåner** Doktorandlönen regleras utifrån en lokalt avtalad lönestege. Läs mer om förmåner för anställda här. ## **Fackliga kontaktpersoner ** Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande. ## **Ansökan ** Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 20 mars 2026. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas inte.

Vi söker nu 1-2 forskningsassistenter inom data-driven tumörevolution och single-cell genomics. ## **Om jobbet** Cancer förändras konstant där subkloner ofta förvärvar nya mutationer som driver tumörtillväxt och resistens mot behandling. I det här projektet kommer du att använda storskaliga single-cell tekniker för att identifiera klonala och mutationala mönster som kan förklara tumörevolutionen. Genom att integrera data från primära patientprover och experimentella modeller kommer du att arbeta för att förutsäga evolutionära banor och identifiera nya behandlingsmöjligheter. Detta för att förbättra behandlingssvar och långsiktiga patientresultat i cancer. Du kommer att ha möjlighet att lära och utveckla nya arbetsflöden inom beräkningsbiologi och avancerad single-cell genomik och bidra till framsteg inom precisionsmedicin inom onkologi. En vanlig arbetsdag kan innebära att skriva och köra kod för att behandla sekvenseringsdata på en datorserver, tillämpa statistiska modeller och algoritmer för att konstruera evolutionära träd och utföra nedströms dataanalys, inklusive statistik och visualisering, samt att skriva vetenskapliga texter som summerar resultaten. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20% av heltid. ## **Om dig ** Vi söker en mycket motiverad person med passion för att driva forskningsutvecklingen framåt. Den ideala kandidaten har en gedigen bakgrund inom dataanalys, utmärkt problemlösningsförmåga och analytiska färdigheter samt trivs i en kollaborativ och tvärvetenskaplig miljö. Vi vill att du har: * tagit examen på Masternivå i bioinformatik, beräkningsbiologi, dataanalys, datavetenskap, biostatistik, biologisk ingenjörsteknik, tillämpad matematik/fysik eller slutfört kurser med minst 240 hp, varav minst 60 måste vara på avancerad nivå inom naturvetenskap, life science eller ingenjörsteknik. Alternativt har du motsvarande kunskaper * stor skicklighet i kommunikation på engelska, i så väl tal som skrift Det är meriterande om du har: * dokumenterad erfarenhet av Unix command-line interface (CLI) och Bash kodning * färdigheter i ett annat programmeringsspråk som Python eller R * erfarenhet inom high-throughput sequencing data och single-cell analys * kunskap inom avancerad statistik och AI/ML * kunskap inom phylogenetics Personliga egenskaper, såsom kreativitet, nyfikenhet, noggrannhet och ett strukturerat tillvägagångssätt för problemlösning är väsentliga. ## **Din arbetsplats ** Du kommer att arbeta på avdelningen för Cell- och Neurobiologi, CNB, vid Institutionen för Biomedicinska och Kliniska vetenskaper, BKV. Institutionen bedriver forskning samt grundutbildning och forskarutbildning inom medicinsk vetenskap. Du kommer också vara del av SciLifeLab & Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS), ett 12-års initiativ riktat för att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna life scientists och skapa globalt ledande förmågor i beräknings- och datavetenskap inom life science i Sverige. Genom detta program kommer du att ha tillgång till omfattande utbildning och resurser inom beräkningsvetenskap, inklusive high-performance computing (HPC) clusters. Läs mer om verksamheten vid Medicinska Fakulteten här. För mer information om DDLS-programmet, se här. ## **Om anst ällningen ** Anställningen är en tidsbegränsad anställning om ett år, 100%. Tillträde enligt överenskommelse. ## **L ön och förmåner ** Linköpings universitet tillämpar individuell lönesättning. Läs mer om förmåner för anställda här. ## **Fackliga kontaktpersoner** Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande. ## **Ans ökan ** Välkommen att skicka in din ansökan med CV och ansökningsbrev senast den 6 juni 2025. Du söker denna anställning genom att klicka på knappen "Ansök" här nedan. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag kommer inte att beaktas.

Ready to Move Your Data Forward? Let’s Discuss Your Research Project and Start Your Bioinformatics Collaboration Contact Us! Fast, tailored support for your